Нужно ли регистрировать каждую новую версию программы?
Нет, каждая минорная доработка не требует отдельной регистрации. Отдельно имеет смысл оформлять принципиально новые продукты, крупные релизы с существенными изменениями архитектуры или функционала, а также модули, которые начинают жить самостоятельной жизнью (например, продаются или лицензируются отдельно).