Нужно ли, чтобы вся разработка велась только в России?

Нет, наличие распределённой команды само по себе не препятствует включению в реестр. Критично, чтобы ключевые права на программный продукт принадлежали российскому правообладателю, а управление разработкой и развитием решения осуществлялось с территории России. Отдельные роли у иностранных специалистов возможны, но структура и степень их участия должны укладываться в требования к отечественному ПО.